运动康复系前身是基础理论系，办学历史悠久。为加强专业建设，学校于2004年成功申报，并设立了运动康复与健康专业，并于2005年正式招生，成为国内首次招收运动康复与健康专业学生的高校。在研究生培养中，在原有的运动医学硕士点及运动人体科学博士点基础上，在2006年又增加了康复医学与理疗学硕士点。
运动康复系拥有雄厚的师资力量，年龄梯队和学缘结构合理，专职教师中教授7人，副教授9人，讲师6人，博士研究生导师6人，硕士研究生导师11人。我系现有在校本科生500余人，研究生130余人。
运动康复系下设康复中心和理疗中心，拥有先进的运动康复、运动损伤防治、体能训练的教学实验和科学研究仪器设备，为学生的实践能力和科研水平提高搭建了良好平台。运动康复系还在国家体育总局体育医院、训练局康复中心、手曲棒垒球中心，北京市体育局，黑龙江省体育局，北京电力医院，德尔康尼骨科医院，中关村医院等单位建立了实习基地，为学生实践能力的培养提供了良好的条件。
自建系以来，运动康复系注重提高人才培养质量，培育专业特色，秉承北京体育大学“教科训”三结合的办学特点，积极开展教学改革研究和创新人才培养模式探索与实践，并取得一系列骄人成绩。运动康复人才培养模式创新试验区被评为北京市高等学校市级人才培养模式创新试验区；《运动医学》被评为国家级精品课程；《运动医学双语课程》被评为国家级双语教学示范课程；系主任王安利教授2010年被评为北京市教学名师；教学改革成果“北京体育大学运动康复与健康专业‘产学研’一体化办学模式的探索与实践”获得2009年国家体育总局教学成果一等奖；我系教师主持的课题《中国体操队备战2008年奥运会重点运动员创伤的治疗、预防及康复的研究》荣获国家体育总局第29届奥运会科研攻关与科技服务项目贡献一等奖，多名教师分获国家体育总局第29届奥运会科研攻关与科技服务项目贡献一等奖、二等奖。
运动康复系作为一个新兴院系，将坚持立足行业、突出特色、面向国际化的办学方向，面对前所未有的机遇和挑战。运动康复系将进一步整合资源，理顺关系，完善组织结构，加强学科建设，丰富“产学研”办学模式的内涵，在不久的将来，将运动康复系建设成为高水平运动康复教学科研和服务基地、国际领先、国内一流、特色鲜明的运动康复学院。